Dom Długosza, tu Wyspiański samotnie spędzał wiele godzin w dzieciństwie.

Ojciec artysty był rzeźbiarzem, jego sztuka nie cieszyła się jednak wzięciem., toteż sytuacja materialna rodziny była bardzo trudna. Nie zniosło jej zdrowie młodszego brata artysty, ani jego matki. Po ich śmierci Stanisław Mateusz Ignacy pozostał sam z cierpiącym na alkoholizm ojcem, który nie poświęcał mu zbyt wiele czasu. Całe dnie spędzał więc sam w pracowni ojca, w tzw. Domu Długosza u stóp krakowskiego Zamku Wawelskiego, pośród prac ojca. Zdaje się, że wtedy zafascynowała go magiczna architektura zamienionego w koszary zamku, który powracał jako motyw w jego twórczości.
Dopiero w 1880 roku zaopiekowała się małym Stanisławem siostra matki, spełniając obietnicę daną jej na łożu śmierci. Dwunastoletni Wyspiański znał już wtedy doskonale wszystkie dramaty Szekspira, bywał na wszystkich premierach teatralnych, działał w szkolnym teatrze, założonym zresztą przez siebie samego.

Ukończywszy gimnazjum został przyjęty na Oddział II - rysunków kopii gipsowych rzeźb antycznych krakowskiej Szkoły Sztuk Pięknych, za osiągnięcia przeniesiono go na Oddział III - rysunków z żywego modela. Na drugim roku studiów otrzymał stypendium prezydenta Miasta Krakowa.
Widząc talent młodego artysty i mając na względzie dawną przyjaźń z jego ojcem, Franciszkiem, Wyspiańskiego przyjął do swej pracowni Jan Matejko, na skutek czego malarz zawiesił studia na SSP i skoncentrował się na pracy pod kuratelą Matejki, którego odtąd uważał za swego mistrza. Współpracował z nim przy nakładaniu polichromii w Kościele Mariackim, a w 1892 roku otrzymał stypendium im. Matejki.

Jednocześnie z edukacją plastyczna rozwijał swe zamiłowania literackie, sam nauczył się francuskiego i niemieckiego, studiował filozofię, historię, literaturę i historię sztuki. Wsparty finansowo otrzymanym stypendium odbył podróż po Europie.
W 1891 roku nie zdał jednak egzaminu do Ecole des Beaux Arts w Paryżu i utracił stypendium. Pozostał w Paryżu, trawiąc czas na oglądaniu i kopiowaniu prac mistrzów w Luwrze oraz studiach w Akademii Coloarossi. Spotykał się m.in. z Chełmońskim, Manetem, Ślewińskim i Gauginem.
Znalazł się jednak w skrajnej biedzie, notorycznie głodując, ale strzegąc się chałtur. Ostatecznie powrócił do Krakowa. Zamieszkał gościnnie u rodziny. Malował właściwie wyłącznie dla siebie i dla przyjaciół. Właśnie wtedy stworzył "Planty o świcie" i "Planty nocą".
Pierwszym wielkim zamówieniem w Krakowie była polichromia dla Kościoła Franciszkanów restaurowanego właśnie po doszczętnym zniszczeniu przez pożar w 1850 roku, Po wielu konfliktach Wyspiański stworzył tylko monumentalne malowidła polskich kwiatów, a malowidła nawy głównej wykonał inny artysta. Nie zrealizowano też jego kompleksowego projektu wyposażenia kościoła, w którym krytykował silnie panujący wtedy styl neogotycki. Najwspanialszym elementem dekoracji franciszkańskiego kościoła jest witraż "Bóg Ojciec" wykonany według kartonu artysty. Ta praca pomogła artyście uzyskać zlecenie na konserwacje gotyckich witraży w Kościele Dominikanów, jakkolwiek z braku środków również niedokończonego. Nie zrealizował także swego projektu polichromii dla Kościoła Świętego Krzyża ograniczając się do konserwacji, odkrytych przy pracach wstępnych do nakładania malowideł jego projektu, zabytkowych fresków renesansowych.
W międzyczasie stworzył cztery dramaty sceniczne oraz szereg prac pastelami m.in. liczący 120 prac zielnik oraz wiele portretów.

	Dom Mehoffera przy ulicy Krupniczej w Krakowie, obecnie jego muzeum, tu także przyszedł na świat Wyspiański.

W 1899 roku ożenił się z chłopką Teofilią Pytko, czym wywołał niemały skandal. Kilka tygodni później będąc świadkiem na ślubie swojego wieloletniego przyjaciela Lucjana Rydla wpadł na pomysł napisania swego najwybitniejszego dramatu - "Wesela". Po literackim sukcesie tego dzieła posypały się zamówienia na prace plastyczne artysty, co wreszcie pozwoliło mu poprawić swój byt materialny. W 1904 roku wykonano według jego projektów kompletną dekoracje wyposażenie Domu Lekarskiego w Krakowie. Zrealizował także wraz z architektem Stanisławem Ekielskim projekt przebudowy i restauracji Wzgórza Wawelskiego, na wzór ateńskiego Akropolis. Zbyt jednak romantyczny w swym zamyśle i odważny w edycji zabytkowych obiektów wzgórza projekt nigdy nie doczekał się realizacji, podobnie jak kartony artysty do witraży dla katedry Wawelskiej, których część zniszczył pod koniec życia. Zachowały się tylko cztery z nich, w zbiorach krakowskiego muzeum, są to Święty Stanisław, Kazimierz Wielki, Henryk Pobożny i Wanda, ofiarowane tamże przez samego artystę.
Pod koniec życia wzmocniła się choroba weneryczna na którą Wyspiański cierpiał prze wiele lat. W swych autoportretach sugestywnie i realistycznie zarejestrował kolejne etapy jej rozwoju, stopniowe słabnięcie organizmu, które przybliżało go do śmierci.
Ostatni ze swoich wizerunków stworzył na krótko przed śmiercią szkicując już jedynie ołówkiem. Na łożu śmierci podyktował jeszcze dramat "Zygmunt August".
Tuż przed śmiercią malarz został przewieziony do swego ukochanego Krakowa, gdzie wkrótce zmarł.
Po śmierci artysty jego dzieci oddano na edukacje, pozbawiając niniejszym jego żonę opieki nad nimi.
Umierając w wieku 38 lat pozostawił po sobie ogromna spuściznę, niepodobną niczym dziełu jednego człowieka. Projekty witraży do niemal trzydziestu kościołów, kilka projektów wnętrz i restauracji obiektów zabytkowych. 18 dramatów, szereg przekładów i adaptacji sztuk swego i cudzego pióra. Wiele obrazów, portretów w tym najwspanialsze i najsławniejsze portrety dzieci malowane pastelami. Równie wiele z jego koncepcji nigdy nie doczekało się realizacji.

Od lat 80-tych XX wieku w Krakowie działa muzeum artysty, pierwotnie mieszczące się nieopodal Domu Długosza przy ulicy Kanoniczej w Krakowie, w budynku dawnej szkoły malarskiej, a od 23 marca 2004 w Galerii Szołayskich Muzeum Narodowego w Krakowie, przy placu Szczepańskim.